Su padre, Lucien Vidal-Naquet (1899-1944), fue un jurista reconocido y miembro de la resistencia.
La Segunda Guerra Mundial lo abocó, siendo aún un adolescente, a participar en la resistencia contra la ocupación nazi.
Colaboró con los grandes helenistas de su tiempo, que han sido referencia en la renovación y apertura al público de los estudios griegos, así Pierre Leveque, Michel Austin, y sobre todo Jean Pierre Vernant.
Hoy son clásicos sus trabajos: sobre Clístenes, Clisthéne l'Athenien (1964), la economía antigua Economies et sociétés en Grèce ancienne (1972), el famoso Mito y tragedia en la Grecia Antigua (1972), Travail et esclavage en Grèce ancienne (1988) o sus ensayos variados de El cazador negro (1981), estos dos últimos analizan la esclavitud de la Antigüedad.
Asimismo fue un denodado combatiente contra el Revisionismo histórico (negacionismo) del holocausto nazi, al que dedicó varias de sus obras.