Dada su posición, era considerada "la llave de Egipto" por lo que estuvo expuesta al ataque de invasores y se libraron varias batallas importantes ante sus murallas, siendo en varias ocasiones asediada y tomada.

No obstante, no se ha probado que el establecimiento de los mercenarios estuviese en la ciudad de Pelusio, ya que no se ha encontrado ningún resto del siglo VII a. C. Los persas conquistaron la ciudad en el siglo VI a. C., hecho mencionado por Heródoto, pero tampoco se han hallado restos de esta época.

Como los gatos eran sagrados allí, ordenó a sus soldados que los capturaran y los lanzaron con las catapultas hacia la ciudad.

Al ver que los felinos corrían peligro de muerte, los habitantes se rindieron.

[5]​ En 373 a. C., el sátrapa Farnabazo II de Frigia, se presentó con su flota ante Peromi, pero se retiró sin atacarla, debido a las medidas tomadas por el faraón Nectanebo I, quien inundó las tierras y bloqueó los canales navegables, por lo que la expedición naval fue un desastre.

La guarnición egipcia y cinco mil mercenarios griegos se rindieron, tras ser completamente derrotadas las fuerzas de Nectanebo.

En 333 a. C., entró en Pelusio el rey macedonio Alejandro Magno, sin lucha, y estableció una guarnición.

En el mismo año, el (28 de septiembre) fue asesinado en la ciudad Pompeyo, que derrotado en Farsalia había huido hasta allí buscando la protección del faraón Ptolomeo, que fue quien le hizo matar y le envió la cabeza embalsamada a Julio César, cuando este llegó en octubre, y Pelusio cayó bajo él.

La ciudad fue visitada por diversos emperadores romanos, entre ellos Tito (70), Adriano (130-131), y Septimio Severo (199-200).

En 618, Pelusio fue atacada y después conquistada temporalmente por los persas dirigidos por Cosroes II.