En el año de 1626, Pedro de Perea fue nombrado alcalde mayor de la villa y presidio militar San Felipe y Santiago de Sinaloa con sede en el actual El Fuerte, Sinaloa, sustituyendo a Diego Martínez de Hurdaide.
[1] En 1632, el general Perea sometió a grupos indígenas guazapares, guarijíos y chínipas en la zona de la Baja Tarahumara, quienes estaban encabezados por el cacique Cobamai, quien era el líder de los guazapares, ya que estos hicieron un levantamiento violento en contra de los colonizadores y exploradores.
Los indígenas provocaron la demolición de las misiones de Nuestra Señora de Varohíos y la de Guadalupe, en el actual estado de Chihuahua, ejecutando a dos padres misioneros; el italiano Julio Pascual y el portugués Manuel Martins, quienes eran residentes, y aparte la ejecución de 15 personas más.
Por lo que el general Perea tuvo que realizar una matanza de aproximadamente 800 guazapares y guarijíos para calmar la revuelta.
[2][3] En 1636, el virrey de la Nueva España duque de Escalona, le otorga al general Pedro de Perea capitulaciones para que conquiste y pueble una nueva provincia al norte del río Yaqui, la cual ésta la llamó Nueva Andalucía, (territorios actuales del estado mexicano de Sonora y el estado estadounidense de Arizona).