Iniciada la Guerra del Brasil, en 1827 fue hecho figurar en listas como oficial aventurero al servicio de la Marina y posteriormente fue incorporado a la nómina, si bien jamás dejó la Capitanía.
Al hacerse cargo del gobierno Juan Manuel de Rosas, Ximeno adhirió incondicionalmente e inició una rápida carrera en el organismo naval.
En 1834 Paraguay ocupó territorios en Misiones, por lo que se formó una pequeña escuadrilla fluvial que al mando de Espora y contando con José María Pinedo, Francisco José Seguí, Antonio Somellera y Enrique Sinclair, se dirigió hacia la escena del conflicto.
Mientras Brown permanecía en Buenos Aires discutiendo con Ximeno las medidas a adoptar para sostener la escuadra en operaciones, en septiembre se produjo el llamado incidente de la USS Congress por el que las naves de la Confederación fueron abordadas por la escuadra estadounidense.
Rosas lo promovió luego a teniente coronel de Marina y edecán del gobernador.