Dos meses más tarde firmó el Acta de la Independencia, y el Congreso lo envió como diputado ante el general Güemes, para convencerlo de que se opusiera a la candidatura del coronel José Moldes para el directorio.
En camino hacia esta ciudad, fue apresado por una partida federal del gobernador de Santa Fe, Estanislao López, y tomado prisionero.
Dirigió un periódico, El Observador Eclesiástico, desde donde atacó a Bernardino Rivadavia y sus aliados.
Recorrió la nueva diócesis de Cuyo, ayudando al obispo a establecer su organización.
Tuvo una gran influencia sobre Facundo Quiroga, y fue tal vez quien más influyó para que éste declarara la guerra a muerte contra el partido "impío" de Rivadavia.
El gobernador López le permitió moverse con libertad, e incluso predicar en un templo frente a todo el gobierno.
Al llegar a destino, el gobierno lo confinó en un barco por varios meses (evidentemente, la prudencia no era su fuerte).