[1]​ Pedro Fernández de Córdoba y Pacheco poseyó grandes bienes en la provincia de Córdoba, como las villas de Montilla, Santa Cruz, La Puente de Don Gonzalo, Duernas, Castillo Anzur, Carcabuey, Monturque y Montalbán de Córdoba.

Sin embargo, en 1508, Fernando el Católico mandó destruir el castillo de Montilla, residencia del marqués, por su conducta rebelde.

Dos años más tarde, Juana I concedió el perdón al marqués y dio permiso para reconstruir el castillo, aunque esta acción nunca se llevó a cabo.

[2]​ Pedro Fernández de Córdoba y Pacheco falleció en Olías del Rey, provincia de Toledo, y fue enterrado en el monasterio de San Lorenzo de la Orden de San Francisco (Montilla, Córdoba).

En 1512, Pedro Fernández de Córdoba y Pacheco contrajo matrimonio con Elvira Enríquez de Luna, hija de Enrique Enríquez de Quiñones, I Señor de Orce, y de María de Luna y Ayala, con la que tuvo varios hijos: