[3]​ Se lo considera un ejemplo heroico de lo que debe ser el amor por los más pobres y marginados.

En 1595, con quince años de edad, recibió la tonsura clerical en su pueblo y, apadrinado por un tío canónigo, se trasladó en 1596 a Barcelona para estudiar «letras y artes» en el Estudio general de la Universidad.

[5]​ Terminada la retórica, entró en contacto con los jesuitas del colegio de Belén para estudiar filosofía.

[5]​[Nota 3]​ Nacido en Segovia e hijo de un comerciante en paños, Alonso se había hecho jesuita ya mayor, pues, tras fallecer su padre, tuvo que abandonar sus estudios en Alcalá y encargarse del negocio de familia.

Contrajo matrimonio, enviudó y perdió a sus dos hijos, ocasión en la que decidió hacerse religioso.

[5]​ Pero mucho más decisivo que esta valoración fue el influjo que ejerció el humilde y místico hermano portero del Colegio de Monte Sion sobre Pedro Claver, ya que el joven jesuita consiguió permiso de los superiores para conversar todas las noches un cuarto de hora con Alonso Rodríguez.

Pedro aprovechó a fondo estas charlas, cuyas luces recogía en un cuaderno que le acompañó toda la vida.

Una vez concluidos brillantemente sus estudios en el Colegio y Seminario de San Bartolomé, hoy Colegio Mayor de San Bartolomé y Pontificia Universidad Javeriana, fue destinado al noviciado de Tunja, en tierra adentro, para hacer su "tercera probación", el año que los jesuitas dedican a la espiritualidad tras su formación intelectual.

Los amos de éstos llevaban muy mal que se los pidieran y recibían a los jesuitas con insultos.

Más tarde el propio colegio llegó a comprar los negros intérpretes, grandes colaboradores de Claver.

Entre ellos estaban Domingo Folupo, Andrés Sacabuche, José Monzola o Ignacio Soso, que a veces eran empleados en el colegio para otros menesteres, lo que ocasionó dos cartas de protesta del padre general Vitelleschi, quien apreciaba sinceramente la labor de Pedro.

Luego, descendía heroicamente a la sentina del navío donde por más de cuarenta o cincuenta días habían permanecido «sepultados» entre trescientos y cuatrocientos esclavos negros.

Si alguno llegaba en peligro de muerte, él mismo lo envolvía en su manto y lo llevaba a un hospital.

En vísperas de Pascua reunía a todas las personas negras de la ciudad para que cumplieran el precepto, los confesaba, les daba la comunión y él mismo les servía un modesto desayuno.

También consolaba a los condenados en el momento de la ejecución con vino, perfume y bizcochos.

El negro Diego Folupo lo vio elevado del suelo como “caña y media” con los ojos fijos en un crucifijo que sostenían en las manos.

Le atribuían numerosos milagros, como resurrección de muertos, clarividencia y profecía.

Asimismo, le llamaron la atención por reprender a una dama española que se pavoneaba en la iglesia de su guardainfante.

Claver enfrentó una pertinaz oposición por parte de las autoridades civiles y comerciales, quienes sospechaban que el ministerio del sacerdote socavaba su lucrativo comercio.

Sin embargo, Claver continuó su trabajo, aceptando todas las humillaciones y añadiendo rigurosas penitencias a sus obras de caridad.

Pedro visitó a los negros, les llevó regalos y los instruyó para el bautismo.

Así, físicamente impedido, permaneció los últimos cuatro años enfermo, en su celda, prácticamente solo y sin poder casi moverse, en un espantoso estado de abandono por parte de los demás que él, sin embargo, aceptaba.

[9]​ Además se constató el bautismo por su mano y la conversión de negros por millares.

En esa ocasión señaló: La espiritualidad de Pedro Claver inspiró a otros para realizar obras signadas por el carisma que lo caracterizó.

Después de su muerte, esta congregación iniciada en Europa se extendió por los restantes continentes: América (1928), Oceanía (Australia, 1929), África (1955), y Asia (India, 1972).