Al fallecer estos poco después de nacer, Pedro Carlos sería el único hijo superviviente.Quizá por cierto recelo que el nuevo rey, Carlos IV, le guardaba al difunto don Gabriel, y por conveniencia para su familia materna, Pedro Carlos fue enviado a Portugal, la tierra natal de su madre, donde fue criado por su abuela, la reina María I de Portugal.En 1792 su abuela, María I, fue oficialmente declarada mentalmente incapaz tras haber perdido el juicio durante un acto público en la localidad portuguesa de Salvaterra.Pedro Carlos se llevaba especialmente bien con su prima hermana, Carlota Joaquina de Borbón, que estaba casada con el regente.En 1807, la familia real portuguesa tuvo que abandonar Portugal debido a la invasión franco-española, dirigida por Napoleón Bonaparte.Su viuda, no obstante, volvió a contraer matrimonio, y se convirtió en una importante figura del carlismo años después.