Se creó como un lugar para enterrar a los cristianos protestantes, antiguamente llamados «disidentes», aunque allí también se encuentran judíos.Con la aprobación de las leyes laicas por el presidente Domingo Santa María entre 1880 y 1884, se eliminaron algunas restricciones para este tipo de patios con tumbas no católicas.Alrededor de 3000 personas se encuentran sepultadas, entre ellas el predicador callejero Juan Canut de Bon, de quien proviene el apodo «canuto» usado para referirse a los protestantes,[4] y José Manuel Ibáñez Guzmán, el primer pastor chileno y latinoamericano.[5] Durante muchos años, en el sendero que bordeaba el Patio Disidente, se observaba una placa con el texto «A la memoria de los desterrados del cielo y de la tierra».[6] Eran enterrados todos quienes no profesaban la fe católica, como luteranos, evangélicos, anglicanos, judíos, etc.
Entrada al Patio de los Disidentes desde el Cementerio General de Santiago.
