Fue ordenado el primer pastor protestante de nacionalidad chilena en 1871 y el primero del presbiterianismo en América Latina.

Durante aquella época, José Manuel pudo asistir a clases en distintos temas en la Universidad de California, como también al Seminario de Sacramento, donde se convirtió al protestantismo e inició estudios con miras a convertirse en misionero evangélico en Latinoamérica.

De regreso en Chile junto a su esposa, continuó su aprendizaje con las enseñanzas del pastor misionero estadounidense, David Trumbull.

Sirvió dos años como el segundo pastor de dicha iglesia, sucediendo al Reverendo Nathaniel Porter Gilbert.

Asimismo, el Seminario Teológico Presbiteriano de Chile, lleva por nombre Reverendo José Manuel Ibáñez Guzmán (STP-JMIG).