Fue fundado en mayo de 1939, cuando fue creada la República Eslovaca, como la rama eslovaca del Partido Comunista de Checoslovaquia (KSČ).

Cuando Checoslovaquia fue restablecida como un estado unificado, el KSS se mantuvo como un partido separado durante un tiempo (1945–1948).

[1]​ Su órgano oficial (principal periódico de Eslovaquia en ese tiempo) era el Pravda.

[2]​ El KSS funcionó como una rama regional KSČ, no como una institución política independiente.

[1]​ Los primeros secretarios más importantes fueron Alexander Dubček (1963-1968) y Jozef Lenárt (1970-1988).