El parque se encuentra dentro de la zona de vida bosque tropical húmedo y posee varios hábitats importantes como son el bosque pantanoso con especies de cativo, sangregao y fruta dorada; el bosque mixto no inundado con especies de guaitíl, jorco y cerillo; el manglar, con predominio del mangle colorado; y la vegetación del litoral, con abundancia de cocoteros y papaturros.

Una parte de la plataforma arrecifal se encuentra sumergida a unos 11 metros bajo el nivel del mar.

Es el arrecife más desarrollado de la costa del Caribe costarricense.

Las principales especies de aves son el ibis verde, el martín pescador y la garza.

Como dato extra, los únicos dos arrecifes de coral que pueden encontrarse en Costa Rica se localizan en Punta Cahuita, Limón y en Daniela Befeler.