El origen de estos virus parece remontarse al momento que surgieron los eucariotas.

Los virus retrotranscritos con posterioridad originaron a los retrotransposones LTR por infección viral.

Estos son clasificados en las familias Pseudoviridae, Metaviridae y Belpaoviridae.

[2]​[3]​ Entre las especies que afectan a los seres humanos destacan el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) y el virus de la hepatitis B.

[4]​ El estudio filogenético de la transcriptasa inversa ha dado el siguiente resultado y también se incluye los retrotransposones LTR endogenizados clasificados en las familias Pseudoviridae, Metaviridae y Belpaoviridae:[5]​[6]​ Hepadnaviridae Belpaoviridae Pseudoviridae Retroviridae Caulimoviridae Metaviridae