[1]​ El régimen de aguas del estuario no depende de las mareas debido a la escasa importancia de éstas en el Mediterráneo por lo que las especies vegetales presentes no deben soportar la salinidad como ocurre en otros humedales costeros próximos.

La flora, por consiguiente, es similar a otras zonas ribereñas de la región mediterránea, juncos, castañuelas, carrizos, tarajes, lentiscos, zarzas, acebuches y fresnos.

Hoy en día, el principal problema de conservación del estuario es el proceso de colmatación debido a la modificación de la dinámica hídrica natural del río al desviar parte del caudal hacia Cádiz occidental para uso en agricultura y otros intereses.

A corto plazo, la reducción del agua que llega al estuario puede ocasionar la pérdida del ecosistema, un efecto de degradación que puede ser exacerbado por el cambio climático y la detectada reducción del régimen fluvial en la región.

La práctica del surf y bodyboard en esta zona esta estrechamente ligada con la salud ambiental del estuario ya que la colmatación de la desembocadura previene la formación de olas a la vez que empeora de forma significante la calidad del agua y la mortalidad de especies acuáticas.