[1]​ Posteriormente el gobierno se trasladó a una casa del señor Ruperto Rovirosa.

[2]​ Posteriormente, la casa fue adquirida en 1843 por el señor Manuel Zapata Zavala, quien la continuó arrendando al gobierno del estado hasta 1857.

[2]​ Hacia 1870, se empezó a sentir la necesidad de que el Poder Ejecutivo contara con un edificio propio, una sede oficial, pues las oficinas centrales del Estado estaban establecidas en casas particulares, por cuyo alquiler se pagaban rentas modestas.

Siendo Vicegobernador del Estado Don Manuel Foucher como encargado del Poder Ejecutivo retornó la idea de construir el Palacio e hizo intentos para comprar la casa que era propiedad de Don Pablo Sastré.

Este señor Sastré, que era ciudadano español, vicecónsul de su país en Tabasco, mandó a construir con el cubano Don Francisco E. Casasús el edificio que se conoció popularmente como "La Casa de Piedra", que estaba ubicada frente a la Plaza de Armas, en un terreno donde hoy se levanta el Palacio Legislativo.

La idea de que el gobierno del estado contara con un edificio propio seguía latente y las iniciativas anteriores fueron reasumidas por el Gobernador Constitucional del Estado, Don Manuel Mestre Gorgoll.

[3]​ El gobernador Mestre Gorgoll inició las gestiones para adquirir el predio, y en febrero de ese año, el Congreso del Estado autorizó al gobernador a comprar el predio de 103 metros 07 centímetros cuadrados a don Lino Merino para construir ahí la sede del Poder Ejecutivo, y en la casa adjunta propiedad de los hermanos Julián y Victorio Victorino Dueñas se construiría el Palacio Municipal de San Juan Bautista.

El proyecto original fue encomendado al arquitecto don Carlos Jerez Huerta, quien se ajustó a los deseos del Doctor Simón Sarlat Nova, que había dispuesto la construcción del Palacio de Gobierno del Estado, y, anexo a este edificio, el Palacio Municipal de San Juan Bautista.

Aducía Bandala, la mala situación del erario, para no reanudar la construcción que era muy necesaria.

Al concluir el mandato del general Bandala, le correspondió la administración del estado nuevamente al doctor Simón Sarlat Nova, quien fue el más decidido partidario de la obra, acelerando los trabajos estancados y no solo eso, sino que, considerando que el solar donde se edificaba el Palacio de Gobierno era muy reducido y que no era prudente anexar a esta construcción el Palacio Municipal, sino establecer ahí el Palacio del Poder Judicial, recomendó modificaciones al proyecto inicial y además, comprarle al Ayuntamiento la parte que en ese sitio le correspondía.

Este festejo, frente al palacio se prolongó hasta el día siguiente, día 14 de diciembre y concluyó con el reparto de dulces y refrescos caseros a los niños pobres.

Se describe al edificio del Palacio y su mobiliario, como muy elegante pero sobrio.

El interior estaba adornado con espléndidos cortinajes, grandes espejos, muebles dorados estilo Luis XV y pinturas magníficas.

Más tarde cuando fue creada la Subsecretaría de Gobierno, fue ubicada en el ala izquierda junto con otras oficinas menores.

[3]​ En año 2005, el Palacio de Gobierno, fue remodelado bajo la supervisión del INAH, conservando su estructura original.

En la pared del descanso, frente a la entrada principal, se localiza un gran cuadro con una pintura de cacique maya Tabscoob En el ala derecha del edificio (lado izquierdo en la foto), la cual da a la calle Independencia, se localiza una galería para exposiciones temporales.

Mientras que en el ala izquierda del inmueble (lado derecho en la foto), dando a la calle Vicente Guerrero, se localizan las oficinas de la Coordinación de Comunicación Social y Relaciones Públicas.

En el patio se localizan dos cuadros grandes, uno con una pintura de José María Pino Suárez y el otro con una pintura del coronel Gregorio Méndez Magaña, así como un busto del científico y naturalista tabasqueño José Narciso Rovirosa.

El salón se abría cada año para ceremonias públicas, como era la recepción del Grito de Independencia.