Desde la fundación se asignó para el cabildo toda la manzana del lado norte de la Plaza Pública, teniendo como característica los portales que le dieron su nombre original: Portal de la Audiencia.
Sin embargo para el mismo siglo, el Ayuntamiento había recuperado esas fincas.
El edificio del Ayuntamiento se comenzó a construir en 1536 y consistía de tres salas que ocupaban solo la cuarta parte de la fachada del actual Palacio.
La sala principal correspondía a la del Cabildo, la cual tenía un estrado de piedra y una escalinata, más adentro había un claustro y de fachada lucía un portal, que sigue siendo su característica, junto se hallaba la vivienda del alcalde mayor; al Poniente de la calle se dispuso la Audiencia y la cárcel y por detrás de esta se construyó la Alhóndiga y el Corral del Concejo (1546-76),[2] al mismo tiempo se erigió la Capilla del Consejo dedicada a San Miguel, la cual se cita en un documento de 1561, pero hacia 1578 se construyó una nueva sobre el callejón y dos arcos, hoy Pasaje del Ayuntamiento, "para los regidores y la gente del mercado".
A comienzos del siglo XVII se añadió un segundo piso al Ayuntamiento, además de la capilla mencionada, así como para las restantes construcciones (casa y tiendas) al poniente del callejón, hoy Pasaje.
El archivo estaba junto a la sala de Cabildo, en el edificio principal del Ayuntamiento.
Se demolió la antigua fachada para que posteriormente el arquitecto Charles T. S. Hall la diseñó con un estilo romántico, específicamente renacimiento inglés e italiano.
Los atlantes de este salón sostienen el techo con sus cabezas, haciendo referencia a que la inteligencia y el conocimiento deben ser las virtudes que sostengan este lugar, sede del Presidente Municipal y de los Regidores.
En el panel cercano al balcón, los ángeles cargan espigas de trigo y frutos representando la abundancia agrícola.
En el panel contrario los ángeles llevan atributos del buen gobierno como son la balanza de la justicia, la antorcha del conocimiento y la serpiente viéndose al espejo, simbolizando la prudencia.