Nunca regresó de ese viaje, aunque sí logró enviar sus informes, pasando el resto de sus días viviendo en Etiopía, entre los sucesores del mítico reino del Preste Juan.

Más tarde siguió de nuevo al rey Alfonso en su viaje a Francia a solicitar ayuda al rey Luis XI en la lucha por el trono de Castilla, una ayuda que fue rechazada.

Entretanto, en 1481, Alfonso V abdicó el trono en favor de su hijo Juan II.

Parece ser que para su investigación Pedro hizo un viaje a Sevilla, donde se habían refugiado numerosos portugueses partidarios de los Braganza.

Pêro da Covilhã entretanto logró ser nombrado escudero de la guardia real y se casó con Catarina, que en pocos meses quedó embarazada.

Pronto enfermaron con las llamadas fiebres del Nilo, estando ambos casi al borde de la muerte.

Pedro registró que una vez doblado el extremo de África (después denominado cabo de las Tormentas), bastaba llegar a Sofala y Malindi para después lograr alcanzar fácilmente Calicut, ya en la India.

Por ello, Pedro escribió un informe al rey, que sería entregado por José Lamego, y partió de nuevo hacia Ormuz con el rabino.

Ahí Pedro de Covillana dejó al rabino y partió otra vez hacia Adén, para encontrar noticias del Preste Juan, ya que Afonso de Paiva no las había podido comunicar.

El relato de sus viajes fue entregado al padre Francisco Álvares por el propio Pedro de Covillana, que tras regresar a Lisboa en 1526 o 1527, lo incorporó años más tarde en el relato de su propio viaje, Verdadeira Informação das Terras do Preste João das Índias, Segundo Vio e Escreveo ho Padre Alvarez Capellã del Rey Nosso Senhor, que fue editado en Lisboa en 1540.