Por confiar en él, fue escogido en 1487 por D. João, ya entonces rey de Portugal, como acompañante de Pêro da Covilhã, que entre otras experiencias, había realizado dos expediciones a Berbería y conocía las costumbres y el habla de los árabes, en un viaje en busca de información del reino del Preste Juan y sobre la ruta comercial a la India.

Pronto enfermaron con las llamadas fiebres del Nilo, estando ambos casi al borde de la muerte.

El Naib, lugarteniente del Sultán, incautó sus mercancías, dándolos por muertos y sin descendencia.

Pasaron por Suez, la ciudad de El Tor, el desierto de la península del Sinaí, y las importantes ciudades de Medina y La Meca, la ciudad santa del Islam, donde tuvieron que hacer penitencia y orar al profeta Mahoma para mantener el disfraz .

Afonso de Paiva nunca llegó a terminar su misión.