Centro: comandado por Fernando, incluía la guardia real y los hombres de algunos hidalgos, como el mayordomo mayor Enrique Enríquez.

Pero predominaban las milicias populares de las ciudades, como Zamora, Ciudad Rodrigo o Valladolid.

Ala izquierda: era formada por la élite del ejército portugués (caballeros).

Era comandada por el príncipe Juan que tenía como su principal capitán el obispo de Évora.

Debido a la división del liderazgo entre el rey y el príncipe, el ejército portugués luchó dividido en dos partes que no se ayudaron:[n 22]​ ala izquierda -o batalla del príncipe,[n 23]​ y centro-derecha o batalla real.

Pero, mientras el Rey de Portugal se dedicaba a reorganizar sus tropas, Fernando envió correos a todas las ciudades de Castilla, y a varios reinos extranjeros, dándoles la noticia de una gran victoria, en la que las tropas portuguesas habían sido aplastadas.

[n 10]​ Numerosas ciudades y fortalezas fueron cambiando de partido.

Finalmente, el Tratado de Alcazobas ponía fin a una guerra en la que vencieron los castellanos en tierra y los portugueses en el mar:[n 63]​ Isabel y Fernando eran reconocidos reyes de Castilla, y Portugal lograba el monopolio de la ruta atlántica en la costa africana.

[16]​[17]​ A pesar de las cartas de auxilio militar enviadas por Alfonso a los grandes nobles juanistas que habían solicitado su intervención en Castilla, ninguno se mostró disponible (ni siquiera el poderoso marqués de Villena, Diego López Pacheco y Portocarrero).