El Protocolo Adicional Secreto de este pacto dividía el territorio que separaba a Alemania y la Unión Soviética entre las dos potencias.

La sección 5 del pacto decía lo siguiente: «El hacer efectivo el siguiente tratado no debe afectar los derechos soberanos de las partes firmantes, en particular su estructura política, su sistema social y económico, y sus fuerzas militares.

Las bases sobre las que fundamentan estas profecías son un secreto para los profetas mismos.

Pronto mostraría sus cartas y rápidamente ejecutaría su jugada: La soviéticos siguieron orquestando los acontecimientos que tendrían lugar tras la invasión, incluyendo la organización de protestas masivas para crear la impresión de que existía una revuelta popular.

No existen datos exactos sobre las bajas que los soviéticos infringieron en Letonia.

Las estimaciones más conservadoras sitúan el número de personas muertas debido a acciones militares, ejecuciones o deportaciones en 290,000.

Dichas bajas comenzaron durante la primera ocupación soviética, también conocida como el «Año del Terror» (Baigais Gads en letón).

La confiscación inmediata de su propiedad y ejecución dentro de 24 horas fue decretada para todos los diplomáticos que se encontrasen en el exterior que regresen a Letonia y se rehúsen a reconocer al nuevo régimen.

Aproximadamente 35,000 personas (casi un 2% de la población del país) fueron deportadas durante la primera ocupación soviética.

Las deportaciones masivas en los tres países bálticos llegaron a un total de 135,000 personas.

A los deportados se les dio una hora o menos para alistarse para irse.

Se les permitió llevar consigo sus pertenencias, siempre y cuando no excedan los 100 kg de peso (comida para un mes, dinero, ropa).

Los deportados eran trasladados en carros cerrados con barrotes que contaban con huecos en el suelo para cubrir las necesidades sanitarias.

Algunos letones que lograron evadir las deportaciones decidieron esconderse en los bosques, donde se organizaron unidades antisoviéticas.

Cuando la Alemania Nazi atacó la Unión Soviética, estos rebeldes entraron inmediatamente en acción.

[40]​ La guerra soviética-alemana culminó en forma abrupta el primer año de ocupación soviética.

[41]​ Bajo la ocupación soviética, miles de letones fueron deportados a campos en Siberia, ejecutados o forzados al exilio.

La guerra también causó grandes pérdidas para la economía- muchas ciudades históricas fueron destruidas, al igual que industrias e infraestructura.

Esta demostración fue organizada para atraer la atención del mundo a la suerte histórica común que estos tres países habían sufrido.

Fuerzas políticas y militares trataron, sin éxito, de tumbar al gobierno letón.

Las últimas tropas rusas se retiraron de la estación al año siguiente.

Las dificultades económicas, la insatisfacción con las políticas del gobierno letón que habían saboteado el cumplimiento del Pacto y el Gobierno de Letonia y la orientación política hacia la Alemania nazi llevaron a una situación revolucionaria que culminó en junio de 1940.

Para garantizar el cumplimiento del Pacto, tropas soviéticas adicionales entraron en Letonia, recibidas por los obreros letones que demandaban la renuncia del gobierno burgués de Letonia y su líder fascista, Kārlis Ulmanis.

[45]​ Ese mismo junio, bajo el liderazgo del Partido Comunista de Letonia, los obreros letones realizaron demostraciones, y en ese mismo día, el gobierno fascista fue derrocado, y se formó un gobierno popular.

Las elecciones para el parlamento letón fueron llevadas a cabo poco tiempo después en julio de 1940.

El parlamento de Letonia quiso unirse a la URSS en forma libre y voluntaria, por lo cual adoptó una resolución para ese efecto.

Más adelante, el régimen totalitario comunista de la Unión Soviética llevó a cabo acciones sistemáticas y a gran escala que incluyeron asesinatos y deportaciones en masa de la población letona.

Como informó la revista Time en 1940, quienes no habían hecho sellar sus pasaportes para votar para la anexión de Letonia a la URSS, podían ser ejecutados por el NKVD soviético.

Los Estados Unidos en particular, aplicaron la Doctrina Stimson para el caso de las repúblicas bálticas, haciendo que se convirtiera en un precedente del derecho internacional.

Los letones rusos son reportados en la prensa de Rusia diciendo, «los soldados soviéticos fueron recibidos con flores y canciones.