[2]​ Así, los soviéticos siguieron procedimientos semilegales tales como: tomar el control de las instituciones de gobierno, instalar un nuevo gobierno títere y organizar unas falsas elecciones para el Parlamento Popular (en lituano: "Liaudies Seimas").

[5]​ Las fuentes oficiales soviéticas afirmaron que la presencia militar era necesaria para fortalecer la defensa de una nación débil ante un posible ataque alemán.

Los soviéticos no intervinieron en los asuntos internos lituanos[13]​ y las tropas rusas se comportaban correctamente en sus bases.

[16]​ La actitud popular se reflejó en el eslogan "Vilnius – mūsų, Lietuva – rusų" (Vilna es nuestra, pero Lituania es de Rusia).

En ese momento, los enviados lituanos Stasys Lozoraitis, Petras Klimas, y Bronius Kazys Balutis prepararon un memorándum que contenía planes de contingencia.

[18]​ A pesar de que se aprobaron varias resoluciones, no hubo un resultado tangible.

[25]​ Ese mismo mes, Butáyev había desertado de su unidad y fue buscado por la policía lituana.

[26]​ El Gobierno lituano contestó que las acusaciones carecían de fundamento, pero prometió una investigación completa del incidente y encargó una comisión especial.

[32]​ Urbšys informó de que los soviéticos desaprobaban con fuerza a Merkys y su gabinete; sugirió que se instalara un nuevo gobierno, posiblemente liderado por Stasys Raštikis, anterior comandante en jefe del ejército lituano.

[34]​ La oposición veía en las presiones soviéticas un medio para expulsar a Smetona, restaurar la democracia y preservar alguna forma de autonomía.

[34]​ Sin embargo, Merkys no pudo ser localizado pues se encontraba en su finca, cerca de Kaunas.

[35]​ Algirdas Julien Greimas describiría más tarde las acciones de la oposición como "un alegre baile junto al cadáver del estado perdido".

Abrieron fuego en un puesto fronterizo cercano a Alytus y mataron al policía Aleksas Barauskas.

El anterior jefe militar, Raštikis, y su sucesor, Vincas Vitkauskas,[36]​ informaron de la imposibilidad de organizar una resistencia armada efectiva, con las tropas soviéticas ya en el país y sin haber movilizado a los soldados lituanos.

[40]​ Merkys y su gabinete dimitieron para dar paso al nuevo Gobierno liderado por Raštikis.

[40]​ En opinión de Raštikis, tales acciones no habrían hecho sino enfurecer a los rusos.

[44]​ Antes del mediodía, los lituanos recibieron una contestación desde Moscú expresando que Raštikis no era un candidato adecuado para primer ministro.

Smetona, que seguía en desacuerdo con la mayoría de su Gobierno, decidió abandonar el país en protesta y designó a Merkys presidente en funciones.

El 16 de junio, sendos ultimatums prácticamente idénticos fueron enviados a Letonia y Estonia, aunque se les dio ocho horas para responder.

[45]​ Con Lituania ya en manos soviéticas, la resistencia armada en Letonia y Estonia era aún más inútil.

[48]​ Paleckis asumió la presidencia y designó primer ministro al escritor Vincas Krėvė-Mickevičius.

[51]​ El Gobierno Popular incluía a varios políticos y figuras públicas muy conocidas para demostrar al público que el nuevo gobierno no era una herramienta de la ocupación soviética, sino una simple reemplazo del régimen autoritario de Smetona.

[59]​ El Partido Comunista de Lituania (con apenas 1 500 miembros)[60]​ y sus juventudes fueron designadas las únicas entidades políticas legítimas.

Se estima que unos 12 000 individuos fueron encarcelados como "enemigos del pueblo" durante el año siguiente a la anexión.

La moneda se depreció artificialmente hasta tres o cuatro veces su valor real[61]​ y en marzo de 1941 fue retirada.

[65]​ La caída en la producción, combinada con el gasto masivo en los apreciados rublos rusos que hacían los soldados y oficiales soviéticos, causaron escasez en todas las zonas.

[65]​ Para volver a los pequeños campesinos contra los grandes terratenientes, la colectivización no se introdujo en Lituania.

[66]​ Algunos granjeros no pudieron pagar los nuevos desorbitantes impuestos y unos 1100 de los más importantes fueron llevados a juicio.

[69]​ Aunque no tuvo éxito, el levantamiento de junio demostró que muchos lituanos estaban decididos a obtener la independencia.

Las noticias negativas sobre los soviéticos eran censuradas e incluso los políticos no pensaban que el ultimátum significara una pérdida total de la independencia.