Aquí, junto a Jonas Jablonskis y Vincas Kudirka entre otros, formó parte de una organización estudiantil secreta.

En otoño de 1896, organizó la resistencia estudiantil en contra de la asistencia obligatoria a la Iglesia Ortodoxa Rusa, y fue expulsado del Gymnasium, pero se le permitió seguir estudiando en el Gymnasium número 9, en San Petersburgo.

Se unió a la Organización Estudiantil de la universidad, donde fue nombrado presidente.

Se vio envuelto en la publicación y diseminación de libros lituanos.

Desde sus primeros días en Vilna, Smetona se involucró en las actividades de varios grupos nacionalistas lituanos, y se unió al Partido Demócrata Lituano, al que representó en el parlamento.

En 1914, comenzó a publicar Vairas (El timón), una nueva revista bisemanal.

En el verano de 1916, Antanas Smetona, junto a otros lituanos de Vilna, presentó una nota al encargado alemán del Frente Oriental, en donde exigía la independencia del estado lituano.

En noviembre de 1923, las autoridades encarcelaron a Smetona durant varios días por publicar un artículo sobre Augustinas Voldemaras en Vairas.

Entre 1923 y 1927, trabajó como profesor auxiliar en la Universidad Vytautas Magnus - primero en el departamento de Teoría del Arte e Historia y luego en el de Filosofía.

Smetona participó en las actividades de la Lithuanian Riflemen's Union, lo cual le dio un mayor reconocimiento.

En 1929, sacó a Voldemaras de su puesto y se convirtió en un gobernador autoritario.