Cae en desgracia como Focio tras el despido de éste por parte del emperador bizantino León VI el Sabio en 886 y se retira a un convento.

Sin embargo, las leyes bizantinas impedían el cuarto matrimonio, por lo que Nicolás se negó a celebrar los esponsales.

León, contraviniendo el acuerdo, el 9 de enero se casa igualmente con Zoe gracias a un sacerdote cómplice.

Por otro lado, cabe la posibilidad de que Nicolás estuviera involucrado en la revuelta del general Andrónico Ducas.

Pero su principal partidario León Focas el Viejo fue derrotado duramente en 917, en una batalla victoriosa para los búlgaros de Simeón en la que encontrarían la muerte muchos comandantes bizantinos.

El patriarca Nicolás acaba siendo uno de los más fuertes partidarios del nuevo emperador y retoma las negociaciones con los búlgaros, que conducirá hasta su muerte en 925.