Limita con los municipios de Santisteban del Puerto, Sabiote, Úbeda, Arquillos, Vilches y Aldeaquemada.

Esta comarca constituye el extremo oriental de Sierra Morena, en su vertiente Sur.

La totalidad del término se encuentra enclavado en Sierra Morena, en su vertiente sur.

Aunque hay estaciones más cercanas, esta estación tiene unos datos más similares a los que debería de haber en Navas, debido a su similar altitud con este municipio (620 m).

Según la clasificación climática de Koopen, corresponde con un clima mediterráneo, Csa, aunque con un matiz sub-continental, debido a su lejanía al mar.

En la mitad sur predomina el paisaje transformado por el cultivo del olivo doméstico (Olea europaea subs europaea), concretamente en su variedad "Picual", aunque se pueden encontrar otras especies como Populus alba (álamo blanco), Salix alba (sauce blanco), Fraxinus angustifolia (fresno de hoja estrecha), Quercus ilex (encina).

En cuanto a las especies cultivadas en el término, que por lo general se clasifica en la zona 9 de rusticidad según el USDA (con temperaturas mínimas absolutas anuales de −1 a +4 °C), destacan (además del olivo): Pistacia vera (pistachero), Prunus dulcis (almendro), Prunus armeniaca (albaricoquero), Prunus persica (melocotonero, también llamado de forma popular albérchigo), Cydonia oblonga (membrillero), Malus domestica (manzano), Pyrus communis (peral), Punica granatum (granado) y Ceratonia siliqua (algarrobo) entre otros.

Es posible encontrar buitres leonados, buitres negros, quebrantahuesos, águilas imperiales, jabalíes, corzos, águilas reales cernícalos... Hay que destacar la presencia del lince ibérico que campea por el término, la mayoría son ejemplares asentados en el valle del río Guarrizas.

A mediados del II milenio a. C. el territorio que hoy ocupa Navas de San Juan ya presentaba ocupación humana, como atestigüan los asentamientos de Castellón y la Atalaya.

En esta época perteneció a la provincia íbera de Oretania, con capital en la cercana Orissia (Vilches).

En época romana se convirtió en punto importante en el camino entre Cástulo e Ilugo, como muestra la aparición de dos miliarios dentro del término municipal.

De hecho, figura como estación en los Vasos Apolinares, que medían la distancia entre Gades (Cádiz) y Roma.

Para tenerlos controlados, se erigió en la actual plaza Practicante Domingo Álvarez una ermita dedicada a San Sebastián, de la que nos queda solo su arco, utilizado posteriormente en otras edificaciones y actualmente ubicado en la capilla de San Isidro.

El entonces alcalde Juan Parilla de Lara contactó con un amigo ganadero, al cual le solicitó organizar una corrida, pero con una estrategia: Al llegar a la plaza de la Iglesia, el ganadero emitiría un silbido que pondría en furia a los toros, y éstos arremetieron contra todos los franceses, que se encontraban en esta plaza.

La pequeña actividad ganadera del pueblo se centra en el ganado bovino, vacuno, porcino o avícola.

Las Pilas, situado en las afueras del pueblo, es un antiguo lavadero que estuvo en funcionamiento hasta la década de los 60, cuando llegó el agua potable a este municipio.

Aunque actualmente no está en uso, está reformado recientemente, y constituye un área de descanso en el camino del "Vergao", en dirección a Olvera y al Llano de la Estrella.

Este castillo fue de origen almohade, y suponía un control del camino que unía Santisteban con La Mancha.

Estas casas suelen estar en las plazas del ayuntamiento y de la Iglesia, así como en sus calles circundantes (Ramón y Cajal, Parras, Real, Lorite, Pastores, Duquesa Victoria, El Santo, Donantes de Sangre...).

Se cree que su muralla pudo ocupar al menos la mitad de la calle Altozano.

Son típicos Los Mayos, una jota dedicada a la patrona que tiene propio baile.

Son representadas con traje típico (falda con delantal, camisa blanca, pañuelo en la cabeza o lazo, emulando a la mujer aceitunera).

La Virgen vuelve a su santuario el primer sábado de septiembre, celebrándose una misa tras su vuelta.

Fiesta de tres días creada originalmente para que pudiera ser disfrutada por los que viven fuera del pueblo y no han podido asistir a las fiestas de San Juan.

De todas formas, la -s final o intervocálica no se pronuncia nunca.

Está influenciada por la gastronomía manchega debido a su proximidad geográfica, así son platos habituales del pueblo el pisto, cocido, legumbres o las gachas.

Otros platos que podemos encontrar son patatas a lo pobre y al ajillo, habas, espárragos, alcaparras, migas, gazpacho, salmorejo, ochios, escabeche, flamenquines, espinacas, ajoharina, lechepájaro, atascaburros o perdiz escabechada.