Estos aparatos resultaron ser efectivos detectando lanchas torpederas PT durante la noche, siendo estos buques muy difíciles de detectar, incluso para los primitivos radares de la época.

Estas lanchas dejaban una estela fosforescente fácilmente visible desde el aire, por lo que para minimizar esta debilidad debían poner sus motores al ralentí cuando estaban cerca de buques enemigos.

Este aparato fue usado como interceptor, cazabombarderos y reconocimiento cercano para operaciones anfibias según el área donde se desplegó.

El último Rufe en servicio fue uno recuperado por las fuerzas francesas en Indochina tras finalizar la Segunda Guerra Mundial.

Los grandes flotadores centrales y subalares degradaban el rendimiento del A6M2-N alrededor de un 20 % comparándolo con el Zero original.