Está concebido como un libro que desarrolla un recorrido por la historia mexicana con enfoque de género, desde los antecedentes mesoamericanos y novohispanos hasta la actualidad.

La exposición permanente está constituida por diez salas desarrolladas sobre el doble eje de los valores y los estadios históricos.

Se muestra la cosmovisión dual de los pueblos mesoamericanos que concebían al mundo dividido en dos partes iguales para mantener el equilibrio del universo, la femenina y la masculina.

No obstante, en la práctica las mujeres tenían menos derechos que los hombres, dependiendo del sistema político imperante.

Se presenta a través de los espacios en que debían desarrollar sus vida las mujeres relacionados con la familia y Dios.

En la lucha por la Independencia la figura femenina estuvo presente en todos los ámbitos con líderes como Josefa Ortiz de Domínguez, Leona Vicario, Mariana Rodríguez del Toro o Gertrudis Bocanegra.

Ocupa el tiempo transcurrido entre la independencia y la reforma liberal que acabó con los valores supervivientes del régimen colonial.

Desde la apertura del museo en 2011 hasta el año 2017 se han realizado 32 exposiciones temporales todas ellas con temas de género.