Bajo la dirección de Manis Miliadis tuvo lugar la reapertura del museo en 1964.

[4]​ A causa del espacio insuficiente del viejo museo, desde 1974 surgió la idea de la construcción de otro edificio para el museo en otra ubicación, para lo que se creó la fundación semiprivada OANM (Organización para la Construcción del Nuevo Museo de la Acrópolis) la cual tiene como director a Dimitrios Pandermalis.

En 1989, un concurso internacional premió la idea de dos arquitectos italianos, Manfredi Nicoletti y Lucio Passarelli.

Este concurso fue ganado por el proyecto del arquitecto suizo-estadounidense Bernard Tschumi y de su socio, el griego Mijalis Fotiadis.

Ha sido realizado con materiales como hormigón blanco reforzado, acero laminado, vidrio y mármol.

En el interior del edificio los pasillos de hormigón prefabricado presentan perforaciones que tienen una función acústica.

Desde la planta baja se pueden observar los restos arqueológicos hallados en el solar donde ha sido construido el edificio a través de superficies acristaladas que permiten su ventilación.

Estos restos se fechan cronológicamente entre los siglos IV y VII d. C. Desde la entrada, se asciende a la primera planta en una leve pendiente que recuerda la subida a la acrópolis.

[13]​ La planta superior está descentrada con respecto al resto del edificio puesto que, destinada a albergar todos los elementos artísticos vinculados al Partenón, se ha diseñado de tal manera que esté directamente alineada con este templo.

La planta superior está acristalada, lo que permite un mayor aprovechamiento de la luz natural, así como poder observar directamente el Partenón desde este espacio.

A diferencia del Museo Británico, en el Museo de la Acrópolis las piezas se han tratado de situar del mismo modo en que se encontraban en el Partenón originalmente.

[19]​ Se han reproducido las columnas con el mismo número y las mismas medidas de las del Partenón pero estas se han realizado en acero, para aligerar el peso y también para hacerlas contrastar con el mármol de los elementos decorativos originales.

[19]​ Contiene los frisos y las cariátides originales (excepto una que se encuentra en el Museo Británico) del Erecteion.