En 2014 presentó por primera vez una exposición en el exterior, titulada «Uruguay en guaraní, presencia indígena misionera», basada en una investigación liderada por la arqueóloga Carmen Curbelo, que se exhibió en los Museos Vaticanos y en el Museo Etnológico de Hamburgo, para continuar luego una gira por otras ciudades de Europa y Asia.

En tanto espacio cultural y en atención a las funciones establecidas por el Consejo Internacional de Museos, como espacio de enseñanza, coleccionismo, conservación, investigación, interpretación, exhibición, reflexión, intercambio y disfrute, el MAPI ofrece también múltiples actividades asociadas a la música, las artes escénicas, las artes visuales, el audiovisual, entre otras disciplinas, destinadas a cumplir su misión y difundir el conocimiento y promover el respeto por las diversas culturas.

El edificio fue construido a fines del siglo XIX -entre 1883 y 1888- por el doctor Emilio Reus, concebido originalmente para convertirse en establecimiento médico hidro-termo terápico.

Luego de permanecer cerrado durante casi dos décadas, comenzó a ser restaurado a principios de 2000 con el apoyo del Gobierno de Islas Canarias, que más tarde se retiraría del proyecto, dando paso a la creación del MAPI.

Algunas de las exposiciones destacadas son: El museo es abierto a todo público y cobran entrada, excepto los días lunes.