Poco a poco, el museo fue ocupando los edificios anexos y aumentando sus colecciones, que abarcan la arqueología de Vizcaya y la etnohistoria del País Vasco.En la actualidad el museo se encuentra en un proceso de renovación tanto a nivel museológico como museográfico.Aparte de los fondos abiertos al público, el museo ofrece servicios de investigación, biblioteca y fototeca, y ofrece la membresía en el programa Amigos del Museo.[2][3][4][5] Las exposiciones permanentes se distribuyen en cuatro plantas: Salas de laudas sepulcrales y heráldica.En esta planta se exhibe además una maqueta colosal a escala de la provincia.
Patio del museo, antiguo claustro del colegio de San Andrés (fotografía previa al solado del área de césped efectuado en 2016).
