[7]​ El museo ocupa la mayor parte del Monasterio cuya fachada se encuentra orientada a la Praça do Império.

[8]​ Debido a que el museo se hizo responsable de las excavaciones arqueológicas en el país, su colección creció exponencialmente.

Son relevantes los artefactos conocidos como "Bronces atlánticos" y herramientas de agricultura del periodo romano.

Esta última colección estaba parcialmente destruida, probablemente debido a la iconoclasia de las primeras comunidades cristianas.

[12]​ Simbólicas del periodo celta en el noreste de Portugal son las monumentales estatuas de granito que representan a príncipes o nobles, a menudo referenciadas como "guerreros gaélicos" que guardan la entrada al museo.

También en esta colección se hallan las esculturas zoomórficas del verraco, creadas probablemente con intenciones totémicas.

Aunque en menor número, también se encuentran epigrafías honoríficas como las Civitas Ammaiensis al emperador Claudio como parte de su culto imperial.

[12]​ La naturaleza frágil y ardua de preservar materiales orgánicos ha llevado a desarrollar unos almacenes especiales en las dependencias del museo, donde pueden monitorizarse en un entorno adecuado.

A pesar de su reducido tamaño, la colección transcurre desde el periodo predinástico hasta la etapa copta.

Los más destacados son los de arte religioso popular (que contiene iconografía religiosa, ofrendas y amuletos votivos), arte pastoral, llaves, instrumentos musicales (incluyendo un acordeón del siglo XVIII), juguetes, complementos para fumar, cerámica portuguesa de entre los siglos XVII y XX, entre otros.

Asimismo, existe algunas piezas de arte africano como la escultura Tshokwe que representa al guerrero Tshibinda Ilunga.

Asimismo, se han encontrado productos de lujo como el garum, elaborado con las conservas del pescado.

Sin embargo, la mayoría de las investigaciones se han centrado en la colección permanente del museo.

El centro de investigaciones arqueológicas más grande del país se encuentra en el museo.