[1] Tiene su sede en el antiguo Pabellón Militar del Cuartel del Revellín, y posee una colección de piezas arqueológicas de la región del estrecho de Gibraltar desde la Edad Antigua hasta la Edad Moderna, aunque en la actualidad solo desarrolla exposiciones temporales, funcionando el museo de la Basílica Tardorromana como una exposición permanente desde la prehistoria hasta la Edad Media.
La arqueología en la ciudad de Ceuta y áreas circundantes comenzó en el siglo XVIII con las primeras excavaciones de Alejandro Correa da Franca,[2] y vivió un gran crecimiento durante la Guerra de África, con excavaciones tanto en Ceuta como en otras ciudades cercanas, como Tetuán.
[5] Tiene una segunda sede en el Revellín de San Ignacio, en las Murallas Reales de Ceuta, en un revellín del siglo XVIII reformado por Juan Miguel Hernández León que acoge la sección de Bellas Artes del museo.
La colección de arqueología está principalmente nutrida por piezas obtenidas en excavaciones en la ciudad de Ceuta y alrededores, y se divide en material desde la Prehistoria hasta la Edad Moderna.
[1] La sección de bellas artes, formada por obras de la antigua Pinacoteca Municipal, que fue absorbida por el museo en 1994, y notablemente más pequeña que la sección de arqueología, está constituida principalmente por ornamentos diversos adquiridos por el gobierno de Ceuta desde el siglo XIX junto con diversas adquisiones y encargos posteriores.