Con el tiempo, se han ido configurando y ampliando los diferentes fondos del museo: el etnológico, el de arte, el arqueológico, el arquitectónico y el documental.

Los frailes capuchinos lo ocuparon hasta 1835, cuando el convento fue saqueado e incendiado; posteriormente fue reutilizado como caserna, como escuela de niñas a cargo de las Mercedarias (1861-1870) y como escuela pública (1845-1935).

El núcleo del fondo de arte lo conforman los óleos, acuarelas y dibujos de Lluís, Pau y Agustí Rigalt donados por Miquel Bultó.

Destacan también los dibujos de Jaume Amat i Bargués y los óleos de Planas Doria, Miquel Salas y Josep Amat i Gaspar.

El museo también cuenta con un fondo geológico, con materiales fósiles de procedencias diversas, y un fondo numismático, la mayor parte del cual desapareció en un robo en 1982.