En el museo se encuentran expuestos armamentos, trofeos, uniformes, banderas, proyectiles, documentos y cuenta dentro de su patrimonio una importante colección de reliquias históricas organizadas para su exposición y ahí encontramos algunos espacios como La Sala de las Banderas, la Sala del Mariscal Francisco Solano López y la Sala Mariscal Estigarribia.[4] Las banderas, muchas de ellas quemadas o destruidas parcialmente, tienen un espacio especial en el museo militar.Asimismo, hay vestidos, objetos de porcelana y una cajita musical.En esta Sala se encuentran objetos personales de Estigarribia así como diplomas, brevets, muebles, vestuario civil, uniformes, condecoraciones y su biblioteca.Este espacio cuenta con un ejemplar único de la cohetera “Congreve”, utilizada como arma incendiaria durante la Guerra contra la Triple Alianza.Además se pueden ver los Uniformes de las tropas paraguayas en los diferentes períodos históricos de la República y los instrumentos musicales que pertenecieron a la banda del padre Ernesto Pérez Acosta, conocido popularmente como Pa'i Pérez.
Banderas paraguayas de guerra utilizadas en la Guerra contra la Triple Alianza, devueltas por el Gobierno argentino en 1954
Uniforme de Capitán General utilizado por el primer presidente constitucional del Paraguay, don Carlos Antonio López
Caja musical de origen belga, perteneciente a la compañera del mariscal Francisco Solano López, Elisa Alicia Lynch
Casulla bordada con hilos de oro y báculo pertenecientes al presbítero paraguayo
Fidel Maíz
