En la biografía de Elisa Lynch, titulada Calumnia y redactada por los escritores Michael Lillis y Ronan Fanning, se afirma que Madame Lynch "era la mujer más vilipendiada de la historia latinoamericana", fue calificada incluso como una cortesana ambiciosa que sedujo al heredero del gobierno del Paraguay, Francisco Solano López, convirtiéndolo en un dictador sanguinario.

A pesar de que ella estaba aún legalmente casada con Quatrefages, inició una relación amorosa con Solano López, y viajó con él al Paraguay.

De modo que no pudo contraer matrimonio con López, como parece haber sido su proyecto.

Invitó a varias maestras y profesoras europeas, con las cuales inició la educación femenina en el Paraguay, que hasta entonces había sido casi nula.

Durante sus años de relación con Francisco Solano López llegaron a tener 6 hijos además del ya citado: Corina (1856-1857), Enrique (1858-1917), Federico (1860-c.1904), Carlos (1861-1924) y Leopoldo (1862- c. 1870).

Acompañó al presidente en la interminable retirada hacia el norte, abandonando primero Asunción y después –tras una dura resistencia– todos los pueblos del interior a sus enemigos.

Pero se retiró a Europa, donde habían sido enviados durante los últimos años de la guerra, varias cajas con valores como si fueran correspondencia diplomática, que le valió una vida cómoda en París.

Entonces se estableció en Buenos Aires, donde publicó una "Exposición y Protesta", con la que se defendía de las acusaciones en su contra; resultó un escrito confuso y excesivamente largo, que no pudo terminar con el mito de su riqueza mal habida.

[3]​A su vez, en 1870 se publicó una biografía suya por un autor anónimo denominado Orión, titulado "Elisa Lynch", que luego recibió la crítica literaria del escritor e historiador Mariano Pelliza.