Posteriormente recibió instrucción de Ildefonso Bermejo, contratado por el gobierno paraguayo como educador y periodista.

En 1863 fue llamado de vuelta al Paraguay para ponerse a las órdenes del presidente Francisco Solano López.

Es fácil deducir la importancia que representó para el gobierno la colaboración de un individuo con tales méritos.

En el periodo final de la contienda (1869) Juan Crisóstomo era coronel del ejército paraguayo.

En París contrajo enlace con Concepción de Zayas y Echavarría, reconocida pianista nacida en Cuba.

Centurión cuenta en sus memorias haber residido en los Estados Unidos, en Cuba y en la Jamaica británica antes de emprender el retorno a su patria en 1878.

El presidente Patricio Escobar lo designó ministro de Relaciones Exteriores y en tal carácter le tocó intervenir en las primeras pujas diplomáticas sobre la cuestión del Chaco.

[9]​ Fue fundador del Instituto Paraguayo,[1]​ con cuya bandera fue enterrado en el cementerio de la Recoleta, en Asunción.