Sus tierras son bajas, anegadizas, lodos o arenas movedizas y una gran extensión de montes.

El río Paraguay baña las costas del departamento en un tramo de 520 km aproximadamente.

Cuenta, además, con grandes lagunas como el Imakata, General Díaz, Carlos A. López y Morocha.

Las lluvias son escasas en el centro, con un promedio de 600 mm, y van aumentando hacia el este, 1000 mm en la zona sur, cercana al departamento de Concepción y pegada al río Paraguay.

Las verduras y frutas llegan a las comunidades en embarcaciones desde diferentes puntos del país.

Alto Paraguay es el único departamento del país que no cuenta con ningún tipo de industria.

El departamento cuenta con una Región Sanitaria cuyo asiento es la capital departamental (Fuerte Olimpo).

En ocasiones, las personas deben recurrir a centros asistenciales del Brasil o de la Región Oriental para someterse a estudios diagnósticos y procedimientos quirúrgicos por las limitaciones del sistema sanitario regional.