Quedó la antigua puerta de Burgos en el interior del huerto del convento, y desapareció la antigua calle de Segovia, por lo que tuvo que construirse un portillo en el recinto amurallado en la calle San Bernardo, denominado así por incluir una estatua de San Bernardo.[8][9][10] En 2015 lo ocupó una nueva orden religiosa, las Siervas del Hogar de la Madre.Inicialmente, se pensó que había sido diseñado por el alcalaíno Sebastián de la Plaza.En la actualidad el edificio se atribuye al arquitecto Juan Gómez de Mora, según las trazas manieristas del templo de Santa Anna dei Palafrenieri, erigido en Roma.La iglesia, de planta elíptica y con seis capillas laterales, de las que las diagonales repiten a menor escala el modelo del gran espacio central, cubierto por una soberbia cúpula encamonada igualmente oval, la mayor en su género hecha en España.El sillón del cardenal Sandoval es una pieza única en su género, en la que se mezcla la ebanistería con la joyería, enriqueciéndose la pieza con la incrustación de cristales de roca decorados como si fueran piedras preciosas.
