La fundación iniciaría oficialmente actividades el 1 de junio del mismo año al adquirir personería jurídica, ocupando una planta baja cerca al río Cali para luego ser trasladada a la sede de la Sociedad de Mejoras Públicas, donde estaría hasta 1982.
[2] Durante su estancia en el salón principal de la Sociedad de Mejoras Públicas la colección tuvo que se guardada en varios ocasiones, ya fuera por restauraciones del lugar o motivos similares.
Además el museo realiza exposiciones e inicia a escolares en temas de arqueología a través de su programa "El Museo y los colegios".
[2] La colección del MAJCC está dividida en Ceramoteca y Osteoteca.
La Ceramoteca está dividida en tres periodos bajo los cuales se agrupan varios de estos grupos humanos:[1] La Osteoteca conserva 250 conjuntos óseos y 220 conjuntos dentales del periodo Tardío-Preconquista.