[1] Una de sus primeras investigaciones la realizó junto al arqueólogo estadounidense Emil Haury en 1953; la cual buscaba construir una secuencia cronológica cerámica para la sabana de Bogotá.
Debido a que los basureros excavados no fueron profundos solo pudo construir una secuencia de tres etapas: Pre-conquista, Colonial y Reciente.
[3] J. Cubillos también estableció una secuencia cronológica para el sur del valle geográfico del río Cauca, demarcando tres fases (en orden de más temprano a tardío): Sachamate, Tinajas y Quebrada seca.
Los resultados de sus investigaciones determinaron que la población prehispánica se había asentado en la suela plana desde, al menos, el siglo XII; rebatiendo las investigaciones previas de Ford.
Adicionalmente, indicó que las poblaciones en el valle geográfico se asentaron en pequeñas aldeas nucleadas, durante las fases Sachamate y Tinajas; y en poblados dispersos en las estribaciones de la cordillera Central, durante la fase Quebrada Seca.