El origen de los municipios del estado de Quintana Roo viene de la antigua división inicial del territorio en tres delegaciones: Cozumel, Santa Cruz de Bravo (actual Felipe Carrillo Puerto) y Payo Obispo (actual Chetumal).
Aun cuando según la Constitución de 1917 estableció que la base de la organización política de los estados es el Municipio Libre, los Territorios Federales continuaron divididos en delegaciones, hasta su respectiva elevación al rango de estados.
Cuando se estableció el Estado de Quintana Roo en 1974 contaba con siete municipios, incluyendo las tres delegaciones del Territorio de Quintana Roo.
Tras la creación del estado, el Congreso del Estado de Quintana Roo ha establecido cuatro municipios más.
Solidaridad en 1993, Tulum en 2008, Bacalar en 2011 y Puerto Morelos en 2015.