Prueba de ellos son las estructuras localizadas en la selva y costa, “Coxol” localizada 1 kilómetro al norte del poblado, “El Altar” ubicado en el jardín botánico “Alfredo Barrera Marín”, las “albarradas mayas” que se encuentran en un petén en el manglar al sur del poblado, y la “Pirámide de Muchil” cerca de Punta Brava al sur de la población, que Ralph L. Roys describe como Puerto de Muchi, esta última, sin embargo menciona otra localidad llamada "Muchi", ubicada a 4 km al noroeste de Puerto Morelos, es decir en las proximidades del actual desarrollo habitacional Villas Morelos II.

Este último asistiá a la boda de su hermana en tierra firme, y pactó sin confrontaciones el sometimiento.

En 1893, México firma con Gran Bretaña el tratado definitivo de límites Belice-Quintana Roo (Tratado Mariscal Spencer), de esta forma Quintana Roo surgió como una región estratégica para Porfirio Díaz.

Ignacio Bravo contra los indios mayas sublevados y buscar la pacificación de la zona.

Su historia moderna comienza hacia finales del siglo XIX, en el año 1898 al fundarse la Compañía Colonizadora de la Costa Oriental de Yucatán, debido a la necesidad de encontrar una salida al mar para exportar sus productos, la compañía ordenó a sus trabajadores abrir brecha de la Hacienda de Santa María (hoy Leona Vicario) hacia el suroeste, poco a poco los trabajadores llegaron al Mar Caribe y bautizaron el punto como “Punta Corcho”, estableciendo las primeras familias un campamento en chozas muy rudimentarias.

Puerto Morelos comienza a progresar y se convierte no sólo en el puerto natural más antiguo de Quintana Roo, sino en el más importante de todo el estado.

Es hacia el año 1923 cuando el palo de tinte pierde demanda en los mercados internacionales, pero se establece la compañía “Colonia Santa María” dedicada a la explotación chiclera, e influye en la economía local al establecer sus bodegas de acopio en el puerto.

Puerto Morelos en 1929 era un pueblo con casas de madera, un muelle, una sola calle paralela a la costa y un almacén.

Durante la década de los sesenta, se extrajeron maderas duras como chechén (Metopium browne), para venderse al gobierno federal y destinarse a la construcción y mantenimiento de vías férreas.

Las lluvias son más abundantes en el verano y otoño (junio a octubre), la precipitación promedio anual es de 1,041 mm.

Forma parte de la iniciativa “Sistema Arrecifal Mesoamericano” (SAM) que tiene como propuesta unificar en una acción conjunta los esfuerzos de México, Belice, Guatemala y Honduras para la conservación y desarrollo sustentable del mismo.

[16]​ Las playas de Puerto Morelos son las más hermosas del Caribe Mexicano, de arena blanca, fina y suave; no presentan oleaje alto al estar protegidas por el arrecife y su erosión es mínima.

Cuenta con accesos públicos desde la plaza principal y así en cada calle que cruza de oriente a poniente.

Actualmente es una de las playas preferidas por los habitantes de Cancún para el esparcimiento, ya que en la zona hotelera los accesos públicos a la playa han sido restringidos a unos pocos cada varios kilómetros.

Los chárteres de pesca en Puerto Morelos satisfacen todos los gustos y necesidades.

En el trayecto de los truckes de la Hacienda Santa María (hoy Leona Vicario) a Punta Corcho, se fueron estableciendo diversos campamentos y centrales: El campamento Rémula, La Tuxpeña, Santa Matilde y Central Vallarta (asentamiento actualmente poblado fue a principios del siglo XX un campamento chiclero).

Hoy en día esta ruta Leona Vicario-Central Vallarta-Puerto Morelos esta pavimentada y por ella se accede a diversos cenotes, los cuales se nutren por ríos subterráneos casi todos ellos pueden ser visitados, y nadar en sus aguas rodeados de una selva exuberante es una experiencia única.

Dos kilómetros al sur de Puerto Morelos por la carretera 307 se encuentra “Yaax Che” o “Jardín Botánico Alfredo Barrera Marín”, es el más grande en su tipo de todo el país (65 ha).

Ofrece al visitante un recorrido por sus senderos en paz y armonía, con plantas de la región, ornamentales, medicinales, cactáceas, helechos, epifitas.

En cautiverio se pueden observar, boa, venado, mono araña, ocelote, es posible interactuar con algunas especies.

Cinco kilómetros al sur de Puerto Morelos por la carretera 307 existe un rancho costero, donde es posible realizar recorridos a caballo en selva y costa.

Pero desde hace algunos años la explosión del turismo en esta zona, ha acabado con muchas especies.

Los países que están directamente involucrados son Alemania, España y Estados Unidos.

Al sur de la plaza principal, se encuentra el centro artesanal "Hunab-Ku", construido y destinado para los artesanos locales.

En la plaza principal existe una iglesia católica, y en la semana del 19 de marzo (San José) tradicionalmente se realiza una verbena popular.