Kantunilkín tuvo su origen en un asentamiento maya no localizado donde hoy se encuentra la localidad, sino en un sector más al este, sobre este asentamiento se tiene noticia que pertenecía al curato de Labcah y al Departamento de Valladolid en el entonces estado de Yucatán.
En 1850 los habitantes se unieron a la Guerra de Castas y resolvieron mover de lugar su pueblo, que fue refundado más al oeste, en el lugar actual y recibió el nombre de Nueva Santa Cruz - Kantunil haciendo referencia a la cruz parlante de los cruzoob.
Pero actualmente el Consejo Supremo Maya de Kantunilkín no conmemora la Guerra de Castas (relatado por los dignatarios mayas Vicente Moo Chan, Reyes Chuc Cocom y Salvador Moo Iuit).
Entre la población local se dice que Kantunilkín significa "piedra dorada del Sol" al descomponer el nombre.
Distritos electorales de la siguiente manera: Local: XV Distrito Electoral Local de Quintana Roo, con cabecera en Kantunilkín.