Fue fundada bajo el nombre de Kilómetro Cincuenta.

El territorio municipal está emplazado en lo que se denominó el cacicazgo de Cochuah a la llegada de los conquistadores de Yucatán a principios del siglo XVI.

La actual población de José María Morelos tuvo su origen a mediados del siglo XX, iniciando como un campamento que se dedicaba a la explotación del chicle y las maderas preciosas de la selva que lo rodean, la mayoría de sus pobladores iniciales eran emigrantes de otros estados del país, llegados a Quintana Roo por la promoción que daba el gobierno a la colonización y desarrollo ecónómico del territorio.

Por estar localizado a 50 kilómetros de Peto, Yucatán, fue inicialmente denominado como Kilómetro Cincuenta, nombre por el que aún se le denomina ocasionalmente.

En 1974 fue erigido el municipio de José María Morelos (en honor del héroe de la Independencia de México José María Morelos y Pavón), convirtiéndose Kilómetro Cincuenta en su cabecera, para lo cual fue elevada a la categoría de ciudad, recibiendo el mismo nombre del naciente municipio.