El Honorable Ayuntamiento Constitucional de José María Morelos, Quintana Roo está integrado principal y primordialmente por el Honorable Cabildo, que es integrado por un Presidente Municipal, en él recae el poder ejecutivo; un Síndico Municipal, en el que recae el poder judicial y el poder legislativo recae en nueve Regidores, de los cuales seis son electos por mayoría relativa y tres por representación proporcional (pudiendo acceder a este puesto solo aquellos candidatos cabezas de planilla -presidente municipal, síndico municipal y primer regidor- que logren el 3% de la votación total en cada ronda de porcentaje de votación, dando preferencia a la jerarquía de las candidaturas en caso de empates en porcentajes de distintos candidatos).
El Ayuntamiento es electo para un periodo constitucional de tres años (trienio) que comienza sus funciones el día 30 de septiembre (hasta 2011 la fecha fue el 10 de abril) del año de la elección y desde 2016 pueden ser reelectos hasta por un siguiente periodo inmediato.
Su sede principal es el palacio municipal, al que por extensión, también se le suele llamar Ayuntamiento o Municipio.
Presidente Municipal : José Cirilo Flota Valdéz Síndico Municipal : Gabriel Domínguez Alonzo Regidores Presidente Municipal : Artemio Caamal Hernández Síndico Municipal : Anastasio Alcocer Díaz (1978-1979) - Fernando Cabrera (1979-1981) Regidores Presidente Municipal : Tomás Alfredo Flota Medina Síndico Municipal : Julio Estrada Quirarte Regidores Presidente Municipal : Fermín Sosa Castilla Síndico Municipal : Gabriel González González Regidores Presidente Municipal : Sergio Miguel de la Cruz Osorno Síndico Municipal : Luis Canul Uc Regidores Presidente Municipal : Eduardo José Espadas Tuyub (+) (abril de 1990 - septiembre de 1990) Presidente Municipal Sustituto: José Francisco Sosa Dzul (septiembre de 1990 - abril de 1993) Síndico Municipal : Jacinto Chi Seca Regidores Presidente Municipal : Ismael Gómez Tox Síndico Municipal : Roberto May Salazar Regidores Presidente Municipal : Roger Cristino Flota Medina Síndico Municipal : Martiniano Pérez Angulo Regidores Presidente Municipal : José Domingo Flota Castillo Síndico Municipal : Amelio Mukul Pinto Regidores Presidente Municipal : Germán Aurelio Parra López Síndico Municipal : Cirilo Flota Medina Regidores Presidente Municipal : Pedro Enrique Pérez Díaz Síndico Municipal : Miguel Ángel Borges Che Regidores Presidente Municipal : Otto Ventura Osorio Síndico Municipal : Pepe Luis Flota Hernández Regidores Presidente Municipal : José Domingo Flota Castillo Síndico Municipal : Enrique de Jesús Pacab Briceño Regidores Presidente Municipal : Juan Manuel Parra López Síndico Municipal : Rodolfo Poot Pat (Suple a Gener Alejandro Flota Becerra quien renuncia al cargo de Síndico Municipal Electo para asumir el puesto de Secretario General del H. Ayuntamiento) Regidores Presidente Municipal : José Dolores Baladez Chi Síndico Municipal : Leysdi Soledad Flota Medina Regidores Presidente Municipal : Sofía Alcocer Alcocer Síndico Municipal : Víctor Javier Díaz Selem Regidores Presidente Municipal : Erik Noé Borges Yam Síndico Municipal : Zugeydi Serralta Vázquez Regidores Presidente Municipal : Erik Noé Borges Yam Síndico Municipal : Rosilene de Rubí Carvajal Pech Regidores