José fue el segundo de seis hermanos, nació al igual que sus hermanos Tomás (el mayor), Ana María, Yolanda, Alonso y Manuel Jesús en la Ciudad de Mérida, Yucatán; en la esquina de la “buena fe”, sobre la calle 60 sur; y desde muy pequeño junto con la familia fue llevado por sus padres, el ganadero Cirilo Flota Carrillo y Raquel Valdez Sabido a residir al poblado de Tixméhuac, Yucatán.
El primero en llegar a Quintana Roo fue su hermano mayor, el comerciante fayuquero Tomás Flota Valdez (padre de los expresidentes municipales morelenses Tomás Alfredo y Roger Cristino Flota Medina), seguido por José y Alonso (padre del 2 veces expresidente municipal morelense José Domingo Flota Castillo); Sus pasos fueron seguidos por las mujeres de la familia, Ana María y Yolanda (fallecidas en 2009 y 2008, respectivamente); al casarse, Ana María dejaría el entonces Kilómetro 50 (Hoy José María Morelos) para residir en la ciudad de Mérida; el único con vida de aquella familia es el menor de todos, Manuel Jesús, quien también reside en la ciudad de José María Morelos.
Siendo político activo y destacado desde su juventud, en el año de 1947 fue nombrado fundador del PRI en el territorio de Felipe Carrillo Puerto, fue Jefe de Seguridad Pública en Felipe Carrillo Puerto y Delegado de Gobierno en Dziuché, Ichmul, Tihosuco y del entonces Kilómetro 50, también Secretario General del Comité Pro-Defensa de los Límites del Territorio de Quintana Roo en la Zona Centro del Estado, pero es en 1974 cuando Quintana Roo pasa de ser territorio a Estado Libre y Soberano de la Federación y siendo máximo líder político de Kilómetro 50 es designado candidato del PRI y electo Diputado Constituyente de Quintana Roo por el IV distrito, perteneciente al hoy municipio de José María Morelos, este destacado político morelense, le dio voz a los quintanarroenses avecindados en la zona rural del Estado, contribuyendo con sus valiosas aportaciones legislativas a la creación de la Carta Magna de Quintana Roo.
En 1993 fue nombrado por el entonces Gobernador del Estado Miguel Borge Martín como Secretario de Promoción Agropecuaria y Forestal del Gobierno del Estado de Quintana Roo para los meses finales de su mandato.
Flota Valdez tuvo una larga trayectoria política, buscando siempre el beneficio para las clases más desprotegidas, de 1970 a 1973 fue Secretario General del Comité Regional Campesino del km.