Su altitud va de 1 100 a 1 900 metros sobre el nivel del mar.
[4] El municipio se encuentra en la subcuenca del río Petlapa, dentro de la cuenca del río Papaloapan, parte de la región hidrológica del Papaloapan.
El clima del municipio es semicálido húmedo con lluvias todo el año, con excepción de una pequeña parte de su territorio que es templado húmedo con abundantes lluvias en verano en menos del 1%.
En 2014 el municipio fue incluido en la Cruzada nacional contra el hambre.
El ayuntamiento de San Mateo Yoloxochitlán está integrado por el presidente municipal, un síndico y el cabildo integrado por seis regidores.