El río Papaloapan forma la segunda cuenca hidrográfica del país[3]​, en cuanto a caudal.

Cuenca hidrográfica se define desde el punto donde cae una gota de agua y esta escurre hasta el mar.

Por lo anterior la imagen semejante a un árbol invertido, con las raíces en la desembocadura y las ramas son las múltiples corrientes de agua —de todo tamaño— que se van sumando en su recorrido y con ello aumentando su caudal.

La cuenca baja con su lento y serpenteante cauce provoca frecuentes inundaciones.

Los embalses se comunican y forman el lago artificial más grande de México.