La conquista que se inicia hacia 1529, tuvo como consecuencia posterior la fundación de Etzatlán y de aquí se emprende la catequización a toda la región.A principios del siglo XIX En 1700 el pueblo fue fundado por cinco familias provenientes de Magdalena.Por 1870 y 1875 se asentó en San Juanito el sacerdote Jesús Ramos, quien fue el estímulo para el progreso.[6] Las localidades más importantes del municipio son: (cabecera municipal) Es un escudo cortado y presenta la forma del escudo español semicircular o de medio punto.El arco y la flecha representan a los pobladores indígenas de la región.La cruz en un montículo de piedras representa el lugar donde fue masacrado Fray Juan Calero o del Espíritu Santo, justo donde hoy se encuentra la parroquia de San Juanito.La mano extendida indicando las iniciales en la bordura representa a las cinco familias fundadoras del actual San Juanito, de apellidos Ruiz, Meza, Orendáin, Montes y García.Tomaron como centro de la población la rústica ermita que se había construido para señalar el sitio en que fue muerto Fray Juan Calero dándole por nombre Pueblo Nuevo de San Juan Atitlic.La primera se refiere al año de la fundación del Pueblo Nuevo de San Juan Atlitic y la segunda es el año en que fue elevado a municipio.Los colores tienen el siguiente significado: Amarillo (oro): simboliza el valor demostrado por nuestros antepasados indígenas al enfrentarse a las huestes españolas aún careciendo de armas que compitieran con las hispanas.Diseñado por el señor Antonio Domínguez Ocampo, fue un obsequio que hizo a su pueblo en el año de 1988 según consta en un certificado expedido por el C. Pedro González González, presidente municipal en el período 1986-1988.El territorio está conformado por basaltos, con manchas de toba y brecha volcánica.La vegetación está compuesta básicamente de pino, roble, encino, palo dulce, pochote, higueras y monte negro.Se cultiva: caña de azúcar, maíz, agave tequilero, garbanzo y trigo.
