Durante el periodo preclásico mesoamericano se establecieron varios centros ceremoniales por los Mokayas ubicados en el sureste y norte del municipio.

En el México independiente Mazatán solo es una colonia y se convierte en municipio de Chiapas en 1942.

En comparación con el resto de los municipios del Soconusco, Mazatán presenta indicadores socioeconómicos menos favorables.

La infraestructura y los servicios urbanos se encuentran menos desarrollados o son deficientes, particularmente en el caso de la distribución del agua potable y drenaje, que es uno de los retos más importantes para los gobiernos locales.

En términos generales el municipio posee un desarrollo humano medio, pero hay muchos contrastes en su interior.

Como dato, en el municipio de Villa Mazatán, Chiapas no se conservó «el sufijo locativo 'tlan' sino 'tan'» (Mantz 2017, 21).

[8]​Erróneamente se ha afirmado, sin fuentes, que la forma (o representación) ortográfica del sufijo es -tān, con la grafía adicional, pero en realidad nunca parece haberse escrito así (Castillo Farreras, Dakin y Moreno de los Arcos 1966; León-Portilla 1986).

[9]​ Mazatán se encuentra en la región económica del Soconusco (Chiapas)[10]​ El municipio cuenta con límites naturales y artificiales.

Los depósitos palustres Cuaternarios, se distribuyen paralelos a la playa, donde el mar tiene contacto con el agua dulce, estas zonas se caracterizan por el crecimiento de manglares, sus raíces retienen sedimento fino y materia orgánica, que junto con el agua producen pantanos.

Paralelo a la línea de costa, se cartografiaron depósitos palustres constituidos por limos, arcillas, arenas, sales y materia orgánica en descomposición.

[15]​ El clima del municipio, según la clasificación de Köppen, es cálido subhúmedo con lluvias en verano.

[23]​ Se han descubierto materiales arqueológicos en las inmediaciones de las comunidades más antiguas del municipio y en otros sitios que, como San Carlos, han sido repoblados como consecuencia de la urbanización del municipio.

[24]​ Su principal asentamiento para 1500, cuando los habitantes de la zona ya han realizado la transición a la agricultura, cultivando maíz, frijol, chile y yuca, explotando el cacao (conocido en su forma silvestre), habitando en casas y produciendo alfarería,[24]​ sería en torno a mam, como se deduce del significado nahuatl ("lugar donde abundan los viejos") de la población, en paralelo al nombre pre-nahua del Soconusco (Zaklohpakab), que en mame, lengua de raíz maya-quiché, significa padres, antepasados, ancestros.

Fue fundada durante la fase barra (1550-1450 a. C.) por pequeños grupos de personas provenientes del norte del estado (los chantutos) formando así la cultura Mokaya, quienes ya cultivaban maíz, vivían en casa y producían alfarería.

El período colonial desde el siglo XVII se caracteriza por la decadencia del Soconusco, debido a al aislamiento, la despoblación y la inestabilidad social que desemboca en sucesivas revueltas: los lacandones ante la cristianización, los zoques de Tuxtla a finales del siglo XVII o el gran alzamiento de los pueblos tzeltales iniciado en Cancuc en 1712 y cuyos efectos se extendieron durante gran parte del siglo XVIII.

Durante esa época, son encontradas 3 figuras femeninas talladas en madera por los lugareños del territorio llamado Las Conchitas junto a las orilla de mar.

La reacción de Guatemala ante esta situación fue de, enviar a ocupar militarmente Tapachula, Huixtla, Mazatán, y otros pueblos del Soconusco, enviando al coronel José Pierson el cual se mantuvo fiel a su posición hasta finales del año 1823.

México envió al General Juan Pablo Anaya, aunque con instrucciones de permanecer en Tonalá evitando en lo posible los choques armados.

Finalmente, se llegó al acuerdo de observar por ambas partes la neutralidad del Soconusco, lo que conllevó la evacuación guatemalteca y la no ocupación mexicana.

El presidente municipal no puede ser reelecto para periodo inmediato y es elegido por votación popular.

Fueron sus descendientes, hablantes de un mixezoque antiguo, los que se movieron más tarde hacia las llanuras del Golfo y dieron allí nacimiento a la cultura olmeca.

Allí fue encontrado un pedazo de cerámica con la inscripción calendárica más antigua hasta hoy conocida: lleva la fecha de 36 a. C.; trescientos años más tarde, el pueblo maya, retomó todos estos adelantos perfeccionándolos.

No se cree que ha sido una relación estrecha entre los pueblos de estos dos sitios similares.

Sin embargo a nivel del suelo, la estructura 5, era más compleja, que contenían mensajes en el interior y una sala de estadía.

con el paso del tiempo, el montículo 3 fue construido a un nivel superior, mientras que la residencia real se hizo más pequeña.

Más tarde, el montículo 2, se convirtió en un proyecto comunitario, que tomó varios dís para hacer dicha construcción.

Evans estima que el montículo 2 se han tomado relativamente 25 días para 20 personas construir.

[47]​ La teoría del nacimiento de la bebida del cacao (chocolate), en la cultura maya, ha sido desconocida por los arqueólogos Michael Coe y David Lentz, puesto que no se ha encontrado evidencia arqueológica fuerte, botánica o iconográfica, dando esto lugar a que se llevaran investigaciones en las culturas más antiguas de Mesoamérica; Los Mokayas.

Toda la cerámica de la fase Barra consiste en tecomates de fondo plano o cuencos hondos curvados hacia dentro; no se han encontrado vasijas lisas, sin engobe o sin decoración.

Las cerámicas de Barra no fueron diseñadas para cocinar, sino para contener líquidos, probablemente con importancia ritual y prestigio para el donador, como chicha y/o atole.