La totalidad del territorio municipal de Ayotzintepec registra un clima clasificado como cálido húmedo con lluvias todo el año;[4] la temperatura media anual registrada se encuentra en el rango de 22 a 26 °C;[5] y la precipitación promedio anual va de 3 000 a 4 000 mm;[6] lo cual caracteriza al municipio por sus montañas nubladas y brumosas.La gran mayoría del suelo está cubierto por selva, principalmente en el norte y sur, la zona central del municipio se encuentra cubierta por pastizal y los extremos este y oeste se dedican a la agricultura;[7] la flora del municipio es característica de la selva media, se encuentran especies como el amate, higo, guapinol, aguacatillo, caoba, roble, cedro, limaloe, palma, ceiba y hormiguillo.En la fauna destacan las especies de venado, temazate, jaguar, venado cola blanca, zorra gris, puercoespín, armadillo, mapache, aguililla y gavilán.El gobierno de Ayotzintepec corresponde al ayuntamiento, éste es electo por el principio de partidos políticos, vigente en 146 municipios de Oaxaca, a diferencia del sistema de usos y costumbres vigente en los restantes 424, por tanto su elección es como en todos los municipios mexicanos, por sufragio directo, universal y secreto para un periodo de tres años no renovables para el periodo inmediato pero si de forma no consecutiva, el periodo constitucional comienza el día 1 de enero del año siguiente a su elección.[8] El Ayuntamiento se integra por el presidente municipal, un Síndico y un cabildo formado por cinco regidores.
